Η καθαρότητα είναι ένας ουσιαστικός παράγοντας που είναι κρίσιμος για να εξασφαλίσει την αποτελεσματικότητα του βιολογικού γραφείου ασφάλειας. Οι κανονικές βοήθειες καθαρισμού διατηρούν την καθαρότητα, που μειώνει την πιθανή διάδοση των επιβλαβών μορίων, των βακτηριδίων, και άλλων μολυσματικών παραγόντων.

Τα υλικά που χρησιμοποιούνται στην κατασκευή των βιολογικών γραφείων ασφάλειας πρέπει να είναι αντιδιαβρωτικά, εύκολο να καθαριστούν, και non-porous για να αποτρέψουν τη βακτηριακή αύξηση. Τα υλικά πρέπει επίσης να είναι αρκετά ανθεκτικά να αντισταθούν τις απαραίτητες διαδικασίες καθαρισμού και απολύμανσης.

Το ολόκληρο BSC πρέπει να συναντήσει τα διευκρινισμένα διεθνή πρότυπα, συμπεριλαμβανομένου του ISO 14644-1 και EN1822. Τα γραφεία πρέπει να εξεταστούν τακτικά, και η κατάλληλη τεκμηρίωση της δοκιμής και του καθαρισμού πρέπει να είναι διαθέσιμη κατόπιν αιτήματος.

Η καθαρότητα και τα υλικά που χρησιμοποιούνται στην κατασκευή του γραφείου είναι ένας από τους πιό ουσιαστικούς παράγοντες στην εξασφάλιση της επιτυχίας και της ασφάλειας του εκτέλεσης των πειραμάτων.