Τα συστήματα HVAC απαιτούν τη χρήση των φίλτρων για να εξασφαλίσουν ότι ο αέρας παραμένει καθαρός και χωρίς επιβλαβή μόρια. Υπάρχουν διάφοροι τύποι φίλτρων διαθέσιμων, συμπεριλαμβανομένων των μηχανικών φίλτρων, ηλεκτροστατικά φίλτρα, και φίλτρα HEPA. Τα μηχανικά φίλτρα χρησιμοποιούν ένα φυσικό εμπόδιο για να συλλάβουν τα μόρια, ενώ τα ηλεκτροστατικά φίλτρα προσελκύουν και κρατούν τα μόρια μέσω μιας ηλεκτροστατικής δαπάνης. Τα φίλτρα HEPA είναι τα αποδοτικότερα και μπορούν να συλλάβουν τα μόρια τόσο μικρά όπως 0,3 μικρά.

Το επίπεδο καθαρότητας ενός συστήματος HVAC αναφέρεται στο ποσό καθαρού αέρα που παραδίδεται σε ένα διάστημα. Μετριέται στις εναλλαγές αέρα ανά ώρα (ACH), που είναι ο αριθμός χρόνων ο αέρας σε ένα διάστημα αντικαθίσταται εντελώς ανά ώρα. Το συνιστώμενο ACH για τα εμπορικά διαστήματα είναι περίπου 4-6, ενώ το ACH για τα νοσοκομεία και τα εργαστήρια μπορεί να είναι τόσο υψηλό όπως 12-15.

Κατά σχεδιασμό ενός συστήματος HVAC, την είναι σημαντικό να εξεταστούν οι παράγοντες όπως το μέγεθος του διαστήματος, ο τύπος κατοχής, και το αναμενόμενο επίπεδο ατμοσφαιρικής ρύπανσης. Το κατάλληλες σχέδιο αγωγού και η τοποθέτηση των ρυθμιστών παροχής αέρα είναι επίσης σημαντικές εκτιμήσεις. Το σύστημα πρέπει να σχεδιαστεί για να παρέχει ακόμη και τη διανομή του αέρα σε όλο το διάστημα και να αποτρέψει τη συσσώρευση του στάσιμου αέρα.