Υπάρχουν πολλές βιομηχανίες όπου τα φίλτρα αποστειρωμένων δωματίων HEPA διαδραματίζουν έναν σημαντικό ρόλο στην εξασφάλιση αγνότητας αέρα και την εξάλειψη της πιθανής μόλυνσης. Τα βιομηχανικά αποστειρωμένα δωμάτια χρησιμοποιούνται στα ιατρικό, φαρμακευτικό, τρόφιμα και το ποτό, και τις βιομηχανίες ημιαγωγών, μεταξύ άλλων, για να προστατεύσουν τα ευαίσθητα προϊόντα και τις διαδικασίες από τις αερομεταφερόμενες μολύνσεις, τα μικροσκοπικά μόρια, και άλλους ρύπους.

Στα νοσοκομεία, τα φίλτρα αποστειρωμένων δωματίων HEPA χρησιμοποιούνται για να δημιουργήσουν τα αποστειρωμένα και ασφαλή λειτουργούντα δωμάτια. Στις βιομηχανίες φαρμακευτικών ειδών και τροφίμων και ποτών, αυτά τα φίλτρα χρησιμοποιούνται για να διατηρήσουν ένα καθαρό περιβάλλον που είναι απαλλαγμένο από τη μικροβιακή και χημική μόλυνση. Στη βιομηχανία ημιαγωγών, αυτά τα φίλτρα βοηθούν να μειώσουν τη σκόνη και άλλα μόρια για να αποβάλουν οποιαδήποτε δυνατότητα για τη μόλυνση στη γραμμή παραγωγής.